年末調整関係の書類の保存
控除申告書の保存期間はその提出する年の翌年の1月10日から7年間書面で保存するのが原則となっています。
No.2503 給与所得者の扶養控除等申告書等の保存期間｜国税庁 (nta.go.jp)
ちなみに源泉徴収簿は法令上保存が義務付けられたものではありません。
A2-2 給与所得・退職所得に対する源泉徴収簿の作成｜国税庁 (nta.go.jp)
しかし源泉徴収簿は源泉税の計算を能率的に行う帳簿であり、またその計算をするための資料が、各控除申告書であることから、実質的には、7年間保存しなければいけないでしょう。
（調べると、賃金台帳の保存義務は法令で5年間とあり、源泉徴収簿を兼ねた場合は7年間ということがわかりました。これを理由として考えてよいでしょう。）
源泉徴収簿の電子での保存は？
令和6年1月からの電子帳簿保存法が話題になっていますが、年末調整関係の書類は電子帳簿保存法とは関係なく、令和2年に電子化の規定が定められています。
源泉徴収簿は調べた限り、電子で保存してもよいと解釈しています。
一番大きな理由は、他の法律で保存義務がある賃金台帳の保存の方法は電子でもよいことになっているからです。
同じような機能を果たす源泉徴収簿も、電子で保存してもよいと考えます。
では控除申告書の電子保存の要件はどうなっているでしょうか。
控除申告書を電子での保存は？
控除申告書を電子で保存するには以下の画像のパターンＣ，Ｄに該当する必要があります。
具体的には使用していないので、想像する簡単な流れとしては、
①各従業員で加入している保険会社とマイナポータルを連携し、国税庁の年末調整ソフトを利用してデータ化する。
②従業員はそのデータを会社に提出する
③会社はそのデータを取り込み年末調整業務を遂行
以上の流れですと、楽に年末調整が済むとのこと。。
申告書も電子で保存が認められます。（上の画像のパターンＤに該当）
ちなみにExcelやPDFでの提出でも、電子で保存が認められます。
このとき控除証明書等は紙で保存しなければいけません。
また一定の措置を講じることも要件です。（上の画像のパターンＣに該当）
参照した国税庁のQAです↓
問2-15、問2-9
nencho_faq.pdf (nta.go.jp)
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